Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 7

Regiony zawierające mTOR typu dzikiego nie miały barwienia fosfo-S6 i fosfo-4EBP w komórkach nowotworowych. Panel B pokazuje immunoblotting komórek Caki1 (pochodzących z ludzkiego raka nerkowokomórkowego), które przejściowo transfekowano samym wektorem z białkiem zielonej fluorescencji (GFP), GFP-mTOR (typ dziki) lub GFP-mTOR (L2431P) z i bez głodu w surowicy. Panel C pokazuje hierarchiczne grupowanie próbek na podstawie genów sygnatur prognostycznych dwóch podgrup molekularnych: jasnych komórek A (ccA), które wskazują dobre rokowanie, oraz jasnych komórek B (ccB), co wskazuje na złe prognozy. Miejsca przerzutowe (M2a i M2b) i miejsce R4 pierwotnego nowotworu segregowały się razem, wzbogacone o geny w podgrupie z czystych komórek A, w przeciwieństwie do pozostałych regionów nowotworowych, które zostały wzbogacone w podgrupę z czystych komórek B, pokazując ten gen. Read more „Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 7”

Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 6

Obszary guza poddano detekcji allelicznej i braku arytmii na podstawie macierzy SNP w celu identyfikacji aberracji chromosomowych. Próbki pierwotnego guza z przerzutami i przerzuty zostały wykluczone z powodu niedostatecznego DNA, a R1, R3 i R5 nie spełniały kontroli jakości. Skrawki nierównowagi alleli na chromosomie 3p były jedynymi wszechobecnymi nieprawidłowościami (ryc. 5A w dodatkowym dodatku). Read more „Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 6”

Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 5

Częstotliwości wariancji w danych z sekwencjonowania ultradźwięków R4 ujawniły, że mutacje współdzielone z miejscami przerzutowymi wykryto przy wyższych częstotliwościach niż mutacje dzielone z innymi regionami guza pierwotnego, dodatkowo potwierdzając obecność dwóch subklonów w R4. (Aby uzyskać wstępną analizę filogenetyczną synonimicznych mutacji, zobacz Rysunek 3 w Dodatku Dodatkowym). Pojedyncza biopsja wykazała średnio 70 mutacji somatycznych, około 55% wszystkich mutacji wykrytych w tym guzie. Tylko 34% wszystkich mutacji, które zostały wykryte przez sekwencjonowanie multiregionu w próbce nefrektomii, było obecne we wszystkich regionach (31%, jeśli włączono próbki do wstępnego leczenia i metastazektomii), co wskazuje, że pojedyncza biopsja nie była reprezentatywna dla krajobrazu mutacji całego guza. Read more „Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 5”

Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 4

Sekwencjonowanie spowodowało medianę obejmującą 74 odczyty. Niesynonimowe mutacje punktowe somatyczne oraz insercje i delecje (indele), które zmieniają sekwencję aminokwasową białek, zostały przefiltrowane i ręcznie przeanalizowane w celu usunięcia błędów sekwencjonowania i wyrównania oraz określenia regionalnego rozkładu mutacji. Regiony R6 i R7 zostały wyłączone z analiz, ponieważ tylko jeden niesynonimiczny wariant przeszedł filtrowanie. Zidentyfikowaliśmy 101 niesynonimowych mutacji punktowych i 32 indeli (Tabela 2 w dodatkowym dodatku) i zmapowaliśmy ich regionalne rozkłady w poprzek guza (Figura 2B). Read more „Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 4”