Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 9

Tylko 37% mutacji somatycznych zidentyfikowanych w próbce do nefrektomii było wszechobecnie wykrywalnych we wszystkich regionach (31%, jeśli uwzględniono przerzuty, które poddano biopsji w momencie progresji). Długotrwała ekspozycja na ewerolimus nie wiązała się ze wzrostem liczby niesynonimicznych mutacji w przerzutach do wątroby, w porównaniu z próbkami do biopsji nefrektomii (ryc. 9 w dodatkowym dodatku), co dodatkowo wskazuje, że ewerolimus nie zwiększa obciążenia mutacyjnego. Nie stwierdzono dowodów na występowanie heterogeniczności w obrębie ploidii w guzie pierwotnym od Pacjenta 2 (ryc. 10 w dodatkowym dodatku). Jednak analiza alleli i nierównowagi (z wyjątkiem R8 i przerzutów do wątroby, które zostały wykluczone z powodu niedostatecznego DNA) zidentyfikowała wiele heterogenicznych aberracji chromosomowych sugerujących heterogenność w obrębie guza. Nierównowaga alleli na chromosomach 3p i 10q była jedyną powszechną aberracją (ryc. 11 w dodatkowym dodatku).
Trimetylowane barwienie H3K36 było nieobecne w komórkach nowotworowych w regionach z mutacjami zmiany ramki odczytu SETD2 lub missense (Figura 12 w dodatkowym dodatku), co wskazuje, że obie mutacje wraz z delecją 3p powodują konwergentną utratę funkcji. Regiony z mutacją w miejscu splicingu lub mutacją missense w PTEN, ujemnym regulatorem ścieżki kinazy PI3 zlokalizowanym na chromosomie 10, wykazały zwiększone wybarwienie fosfo-Akt, w porównaniu z regionami dzikimi PTEN (Figura 13 w Dodatek dodatkowy), zgodny z utratą funkcji PTEN i zbieżną ewolucją fenotypową.
Regionalne profilowanie alleli i nierównowagi pierwotnych guzów od pacjentów 3 i 4 dostarczyło dalszych dowodów na genetyczną heterogeniczność w obrębie guza (rysunek 11 w dodatkowym dodatku). Tylko 4 z 30 próbek od czterech pacjentów miało identyczne profile nierównowagi alleli (guz od Pacjenta 3 w R1, R3, R4 i R9). Aberracje chromosomowe 3p występowały wszechobecnie we wszystkich regionach od wszystkich nowotworów, a alleliczne zaburzenia równowagi 10q (w guzie od Pacjenta 2) oraz w 5q i 6q (w guzie od Pacjenta 4) występowały wszechobecnie w jednym przypadku każdy. Te wczesne wszędobylskie wydarzenia były liczniejsze niż nieubłagane aberracje, co wskazuje, że większość zdarzeń chromosomowych wystąpiła po rozejściu się guzów, dostarczając dalszych dowodów na ewolucję rozgałęzień. Profilowanie ploidalne wykryło heterogeniczność w obrębie guza od Pacjenta 4 (Figura 10 w dodatkowym dodatku), a sekwencjonowanie Sanger z SETD2 w Pacjencie 3 i 4 ujawniło heterogenność w obrębie Pacjenta 4: siedem regionów guza z mutacją zmiany ramki SETD2 nie zawierało trimetylowanego barwienia H3K36 , podczas gdy pojedynczy region z SETD2 typu dzikiego, ale zmutowany VHL posiada silne trimetylowane barwienie komórek nowotworowych H3K36 (Figura 14 w Dodatku Aneks).
Dyskusja
Multiregionowa analiza genetyczna czterech kolejnych guzów dostarczyła dowodów na heterogenność w obrębie każdego nowotworu, z przestrzennie oddzielonymi heterogennymi mutacjami somatycznymi i zaburzeniami chromosomalnymi prowadzącymi do fenotypowej różnorodności wewnątrznaczyniowej (mutacja aktywująca w MTOR) i jednorodności (mutacja utraty funkcji w SETD2 i PTEN)
[hasła pokrewne: certolizumab, długi weekend czerwcowy, amyloza ]

Powiązane tematy z artykułem: amyloza certolizumab długi weekend czerwcowy