Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 8

Prognostyczne sygnatury ekspresji genów mogą nieprawidłowo przewidywać wyniki, jeśli są oceniane z pojedynczego regionu heterogennego guza. Genetyczna heterogeniczność w trzech kolejnych guzach
Aby ustalić, czy heterogeniczność w obrębie nosa była obecna w kolejnych raków o jasnokomórkowym raku z badania E-PREDICT, przeprowadziliśmy sekwencjonowanie wieliregionowe exome na guzie pierwotnym i przerzuty z Pacjenta 2 i ploidii oraz profilowanie alleliczno-nierównowagi na pierwotnych guzach od Pacjentów 2, 3 i 4. Obrazowanie CT nie wykazało zmian w wymiarach guza podczas 6 tygodni leczenia ewerolimusem.
Rycina 4. Rycina 4. Heterogeniczność nosicielstwa genetycznego i filogeneza u pacjenta 2. Panel A pokazuje regionalny rozkład mutacji somatycznych wykrytych przez sekwencjonowanie egzomu na mapie cieplnej, z szarą, wskazującą na obecność mutacji, a na ciemnoniebieskim brak mutacji. Kolorowe paski powyżej mapy ciepła wskazują klasyfikację mutacji według tego, czy są one wszechobecne, dzielone przez pierwotne obszary guza, czy też są unikalne dla regionu (prywatne). W przypadku nazw genów kolor fioletowy wskazuje, że mutacja została zwalidowana, a kolor pomarańczowy wskazuje, że walidacja mutacji nie powiodła się. Panel B pokazuje filogenetyczne związki regionów guza. Długość gałęzi jest proporcjonalna do liczby mutacji somatycznych oddzielających punkty rozgałęziania. Potencjalne mutacje kierowcy zostały nabyte przez wskazane geny w gałęzi (strzałki).
Pacjent 2 miał przerzutowy guz z delecją 1-bp w VHL. Próbki z biopsji rdzenia przed zabiegiem zawierały mniej niż 5% komórek nowotworowych i zostały wykluczone. Pierwotne obszary guza od R1 do R9 zebrano z próbki nefrektomii. Po 5 miesiącach uczestniczenia w badaniu bez obiektywnej odpowiedzi nowotworu, pobierano rdzeniową próbkę biopsyjną z postępującego przerzutu do wątroby. Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie wychwytu eksonów na próbkach DNA nowotworu i linii germinalnej (mediana pokrycia, 61 czyta) (Tabela w dodatkowym dodatku). R2, R5 i R8 zostały wyłączone z analizy ze względu na niskie odczyty od wariantu do całkowitego odczytu, co wskazuje na wysokie zanieczyszczenie zrębu. Wykryto łącznie 119 mutacji somatycznych i mapowano ich rozmieszczenie regionalne (rysunek 4A i tabela 4 w dodatkowym dodatku). Użyliśmy sekwencjonowania Sangera do walidacji mutacji somatycznych w genach supresorowych nowotworów VHL, PBRM1 i TP53, w 2 niezależnych i przestrzennie oddzielonych mutacjach w SETD2 (mutacje missense i frameshift) i PTEN (mutacja w miejscu składania i missense), a w 14 15 losowo wybranych mutacji (wskaźnik sprawdzania poprawności, 95%) (ryc. 8 w dodatku uzupełniającym).
Somatyczna niejednorodność mutacyjna
Analiza filogenetyczna guza z Pacjenta 2 wykazała wzorzec rozgałęzienia (Figura 4B), który był zgodny z wynikami pierwotnego guza i przerzutami uzyskanymi od Pacjenta 1.
[więcej w: psychologia pracy, psychoterapia, psycholog poznań ]

Powiązane tematy z artykułem: psycholog poznań psychologia pracy psychoterapia