Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 7

Regiony zawierające mTOR typu dzikiego nie miały barwienia fosfo-S6 i fosfo-4EBP w komórkach nowotworowych. Panel B pokazuje immunoblotting komórek Caki1 (pochodzących z ludzkiego raka nerkowokomórkowego), które przejściowo transfekowano samym wektorem z białkiem zielonej fluorescencji (GFP), GFP-mTOR (typ dziki) lub GFP-mTOR (L2431P) z i bez głodu w surowicy. Panel C pokazuje hierarchiczne grupowanie próbek na podstawie genów sygnatur prognostycznych dwóch podgrup molekularnych: jasnych komórek A (ccA), które wskazują dobre rokowanie, oraz jasnych komórek B (ccB), co wskazuje na złe prognozy. Miejsca przerzutowe (M2a i M2b) i miejsce R4 pierwotnego nowotworu segregowały się razem, wzbogacone o geny w podgrupie z czystych komórek A, w przeciwieństwie do pozostałych regionów nowotworowych, które zostały wzbogacone w podgrupę z czystych komórek B, pokazując ten gen. – sygnatury wyrażeń mogą nieprawidłowo przewidywać wyniki, jeśli próbki są otrzymywane z pojedynczej biopsji. Nawiasy po prawej stronie mapy ciepła (dendrogram) wskazują na hierarchiczne grupowanie próbek zgodnie z ekspresją analizowanych genów. Wyniki z wskazują różnicę w standardowych odchyleniach między ekspresją mRNA genu w próbce i jego średnią ekspresją mRNA we wszystkich próbkach. Ssakowy cel kinazy rapamycyny (mTOR) niósł mutację missenową kinazy (L2431P) we wszystkich pierwotnych regionach guza z wyjątkiem R4. Wszystkie regiony nowotworowe niosące mTOR (L2431P) miały zwiększone wybarwianie dalszych szlaków mTOR docelowych fosfo-S6 i fosfo-4EBP. Regiony zawierające mTOR typu dzikiego nie posiadały barwienia fosfo-S6 i fosfo-4EBP w komórkach nowotworowych (Figura 3A). Jest mało prawdopodobne, aby ewerolimus wpływał na aktywność w szlaku mTOR w tych próbkach, które zostały nabyte 7 dni po odstawieniu leku (okres półtrwania leku, 30 godzin) .23 Transfekcja komplementarnego DNA kodującego mTOR (L2431P) do postaci raka jasnokomórkowego wzmocnione liniowo barwienie fosfo-S6 po głodzie w surowicy, co wskazuje, że L2431P promuje konstytutywną aktywację mTOR (Figura 3B). Przejściowa transfekcja linii raka nerki ze zmutowanym konstruktem mTOR nie wpłynęła na wrażliwość ewerolimus in vitro (dane nie pokazane). Sekwencja mTOR była dopasowana do strukturalnie pokrewnej kinazy beta fosfatydyloinozytolu 3 (PI3) (Fig. 7 w Dodatku Uzupełniającym). Model strukturalny pochodzący z tego przyrównania sugeruje, że L2431 odwzorowuje kieszeń hydrofobową w obrębie domeny autoagresywnej sąsiadującej z pętlą aktywacyjną. Podstawienie L2431 przez prolinę może wpływać na konformację pętli aktywacyjnej mTOR. Dane te sugerują, że genetyczna heterogeniczność wewnątrzjądrowa jest związana z funkcjonalną heterogenicznością aktywności kinazy.
Intratumor heterogeniczność podpisu prognostycznego
Określiliśmy wewnątrzkomórkową ekspresję sygnatury o długości 110 genów, która została sklasyfikowana w celu klasyfikacji raka jasnokomórkowego w dwie podgrupy molekularne: jasna komórka A (powiązana z dobrym rokowaniem) i jasna komórka B (związana ze złym rokowaniem) .24 Spójne z analiza filogenetyczna, miejsca przerzutów i miejsce R4 pierwotnego nowotworu są segregowane razem, wzbogacone o geny w podgrupie czystych komórek A, w przeciwieństwie do pozostałych regionów nowotworowych, które zostały wzbogacone w podjednostkę B o wyraźnej komórce (Figura 3C)
[patrz też: psychoterapia wrocław, psycholog dziecięcy, dzieci z autyzmem terapia ]

Powiązane tematy z artykułem: dzieci z autyzmem terapia psycholog dziecięcy psychoterapia wrocław