Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 5

Częstotliwości wariancji w danych z sekwencjonowania ultradźwięków R4 ujawniły, że mutacje współdzielone z miejscami przerzutowymi wykryto przy wyższych częstotliwościach niż mutacje dzielone z innymi regionami guza pierwotnego, dodatkowo potwierdzając obecność dwóch subklonów w R4. (Aby uzyskać wstępną analizę filogenetyczną synonimicznych mutacji, zobacz Rysunek 3 w Dodatku Dodatkowym). Pojedyncza biopsja wykazała średnio 70 mutacji somatycznych, około 55% wszystkich mutacji wykrytych w tym guzie. Tylko 34% wszystkich mutacji, które zostały wykryte przez sekwencjonowanie multiregionu w próbce nefrektomii, było obecne we wszystkich regionach (31%, jeśli włączono próbki do wstępnego leczenia i metastazektomii), co wskazuje, że pojedyncza biopsja nie była reprezentatywna dla krajobrazu mutacji całego guza. .
Aby zbadać, czy ekspozycja ewerolimusem może przyczynić się do heterogeniczności w obrębie nosa, porównaliśmy filogenetyczne zależności próbek przed podaniem z próbkami uzyskanymi po potraktowaniu próbek (Figura 2C). Spośród 71 mutacji w próbkach pierwotnego guza przed leczeniem, 67 było również obecnych w regionach guza pierwotnego po leczeniu, a 64 z 66 mutacji w przerzutach w ścianie klatki piersiowej były obecne w regionach przerzutowych po leczeniu, wskazując, że dwie główne gałęzie drzewa filogenetycznego były obecne przed leczeniem farmakologicznym. Zgodnie z analizą po leczeniu 60% mutacji w próbkach pierwotnego guza i przerzutach do ściany klatki piersiowej nie było dzielonych przez obie próbki biopsji. Klony w R4 prawdopodobnie nie wyewoluowały z próbek przed leczeniem pierwotnego guza lub przerzutów w ścianie klatki piersiowej podczas terapii, ponieważ taka ewolucja wymagałaby powrotu dużej liczby mutacji somatycznych do typu dzikiego, dodatkowo wspierając obecność heterogeniczności w obrębie guza przed leczeniem. Na koniec, próbki pobrane przed i po 6 i 12 tygodniach ekspozycji na ewerolimus miały podobną liczbę niesynonimicznych mutacji (ryc. 4 w dodatkowym dodatku). W związku z tym ewerolimus nie wydaje się zwiększać obciążenia mutacyjnego, a główne gałęzie filogenetyczne były obecne w guzie przed leczeniem, co wskazuje, że niejednorodność wewnątrznaczyniowa nie była konsekwencją leczenia ewerolimusem.
Regionalne profilowanie ploidii i wykrywanie aberracji chromosomowych
Profilowanie ploidalne21 ujawniło diploidalny profil dla większości pierwotnych regionów, podczas gdy obszar m2b wyciętego przerzutu do ściany klatki piersiowej zawierał dwie subtetraploidalne populacje (Figura 2D). R4, region najbardziej przypominający miejsca przerzutów w analizie klonalnej, miał profil tetraploidalny, co sugeruje, że subtetraploidalna populacja w przerzutach w ścianie klatki piersiowej mogła rozwinąć się z tetraploidalnego związku pośredniego w R4
[patrz też: psychologia pracy, psychoterapeuta warszawa, psycholog warszawa ]

Powiązane tematy z artykułem: psycholog warszawa psychologia pracy psychoterapeuta warszawa