Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 4

Sekwencjonowanie spowodowało medianę obejmującą 74 odczyty. Niesynonimowe mutacje punktowe somatyczne oraz insercje i delecje (indele), które zmieniają sekwencję aminokwasową białek, zostały przefiltrowane i ręcznie przeanalizowane w celu usunięcia błędów sekwencjonowania i wyrównania oraz określenia regionalnego rozkładu mutacji. Regiony R6 i R7 zostały wyłączone z analiz, ponieważ tylko jeden niesynonimiczny wariant przeszedł filtrowanie. Zidentyfikowaliśmy 101 niesynonimowych mutacji punktowych i 32 indeli (Tabela 2 w dodatkowym dodatku) i zmapowaliśmy ich regionalne rozkłady w poprzek guza (Figura 2B). Sekwencjonowanie Sanger zastosowano do sprawdzenia 42 mutacji. Spośród tych mutacji 37 (88%) zostało dokładnie zwalidowanych w regionach, w których zostały pierwotnie zidentyfikowane (ryc. 2B i ryc. w dodatkowym dodatku), dokumentujących genetyczną heterogeniczność w obrębie guza. Wymagana jest niska wartość fałszywie ujemnego współczynnika wywołania mutacji, aby uniknąć przeszacowania heterogenności wewnątrznaczyniowej. Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie ultra-sekwencyjnych eksonów R4 i R9 (mediana zasięgu odpowiednio 262 i 255 odczytów) w celu zbadania, czy heterogenne mutacje, które nie zostały wykryte w R4 lub R9, można było wykryć przez zwiększenie głębokości sekwencjonowania (tj. Mediana liczby sekwencjonowanie czyta się na każdym eksonie). To zidentyfikowało wszystkie 64 mutacje, o których wiadomo, że są obecne w R4 i 75 mutacjach w R9 i wykryło tylko 2 dodatkowe mutacje (w ITGB3 i AKAP8, oba w R4) obecne w innych pierwotnych regionach, wskazując niską stopę fałszywie ujemną wynoszącą 2 na 141 (1.4 %) (Tabela 3 w dodatkowym dodatku).
Somatyczna heterogeniczność mutacji i klonowanie
Wyłączyliśmy 5 mutacji, które nie zostały zwalidowane i zaklasyfikowano pozostałe 128 mutacji do 40 wszechobecnych mutacji, 59 mutacji współużytkowanych przez kilka, ale nie wszystkie regiony, i 29 mutacji, które były unikalne dla określonych regionów (tak zwane prywatne mutacje), które były obecne w jeden region. Podzieliliśmy wspólne mutacje na 31 mutacji dzielonych przez większość pierwotnych regionów nowotworowych próbki nefrektomii (R1 do R3, R5 i R8 do R9), próbki biopsji wstępnej guza pierwotnego i 28 mutacji wspólnych dla większości regionów przerzutowych . Wykrywanie prywatnych mutacji sugerowało trwającą regionalną ewolucję klonalną.
Wywnioskowaliśmy związki przodków i skonstruowaliśmy drzewo filogenetyczne regionów nowotworu przez uporządkowanie klonalne, jak opisali Merlo i wsp. 20 (Figura 2C), które ujawniało rozgałęzianie, a nie liniową ewolucję guza. Jedna gałąź ewoluowała w klony obecne w miejscach przerzutowych, a druga urozmaiciła się do regionów guza pierwotnego. R4 dzielił niektóre, ale nie wszystkie guzy pierwotne i przerzuty, co sugerowało obecność co najmniej dwóch populacji klonalnych w tym regionie, które powstały z komórek progenitorowych przerzutów i innych pierwotnych miejsc nowotworowych.
[podobne: psychoterapia warszawa, psycholog dziecięcy, psycholog warszawa ]

Powiązane tematy z artykułem: psycholog dziecięcy psycholog warszawa psychoterapia warszawa