Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 3

SekwPo 6 tygodniach leczenia ewerolimusem i 1-tygodniowym okresem wymywania przeprowadzono nefrektomię. Pacjent ponownie uruchomił ewerolimus przez 6 tygodni i po kolejnym 1-tygodniowym okresie wymywania przystąpił do operacji masy klatki piersiowej. Tomografia komputerowa (CT) nie ujawniła żadnej zmiany wymiarów guza pierwotnego ani przerzutów w ścianie klatki piersiowej podczas leczenia ewerolimusem. Identyfikacja i walidacja mutacji somatycznych
Rycina 2. Rycina 2. Heterogenność nosicielstwa genetycznego i filogeneza u pacjenta 1. Panel A pokazuje miejsca biopsji rdzenia i regiony zebrane z próbek nefrektomii i metastazektomii. G oznacza stopień nowotworu. Panel B pokazuje regionalny rozkład 101 niesynonimowych mutacji punktowych i 32 indeli w siedmiu regionach guza pierwotnego próbki nefrektomii (od R1 do R5 i od R8 do R9), w tłuszczu okołoprogowym z próbki nefrektomii (M1), oraz w dwóch regionach wycinanych przerzutów do ściany klatki piersiowej (M2a i M2b), wykrytych przez sekwencjonowanie egzomu (w tym mutacja VHL wykrywana przez sekwencjonowanie Sangera). Regiony R6 i R7 zostały wyłączone z analiz, ponieważ tylko jeden niesynonimiczny wariant przeszedł filtrowanie. Mapa ciepła wskazuje na obecność mutacji (szary) lub jej brak (ciemnoniebieski) w każdym regionie. Kolorowe paski powyżej mapy ciepła wskazują klasyfikację mutacji według tego, czy są one wszechobecne, dzielone przez regiony guza pierwotnego, dzielone przez miejsca przerzutów lub unikalne dla regionu (prywatne). Wśród nazw genów kolor fioletowy wskazuje, że mutacja została zwalidowana, a kolor pomarańczowy wskazuje, że walidacja mutacji nie powiodła się. Z powodu ograniczonej dostępności DNA, tylko sześć mutacji zostało potwierdzonych w próbkach przed leczeniem pierwotnego guza (PreP) i przerzutów w ścianie klatki piersiowej (PreM) (w miejscach składania VHL, MTOR, SOX9, ALKBH8, SETD2 i KDM5C). Panel C pokazuje filogenetyczne związki regionów guza. R4a i R4b są subklonami wykrytymi w R4. Znak zapytania wskazuje, że wykrywana mutacja w miejscu splicingu SETD2 prawdopodobnie znajduje się w R4a, podczas gdy R4b najprawdopodobniej ma wspólną mutację przesunięcia ramki odczytu SETD2, również znalezioną w innych regionach guza pierwotnego. Długość gałęzi jest proporcjonalna do liczby niesynonimicznych mutacji oddzielających punkty rozgałęzień. Potencjalne mutacje kierowcy zostały nabyte przez wskazane geny w gałęzi (strzałki). Panel D pokazuje regionalną analizę profilowania ploidii. Wszystkie inne pierwotne obszary guza były diploidalne (nie pokazano). DI oznacza indeks DNA pików aneuploidalnych, wskazujący zawartość DNA w porównaniu z genomem diploidalnym.
W przypadku Pacjenta przeprowadziliśmy sekwencjonowanie multiregionu w eksonie na DNA z próbek biopsji wstępnej z guza pierwotnego (PreP) i przerzutu do ściany klatki piersiowej (PreM), dziewięciu regionów guza pierwotnego z próbki nefrektomii (R1 do R9), przerzutów w tkance okołokrystalicznej próbki nefrektomii (M1), dwa regiony wyciętych przerzutów do ściany klatki piersiowej (M2a i M2b) i DNA19 linii zarodkowej (ryc. 2A)
[hasła pokrewne: psycholog sportu, psychologia pracy, psychoterapia ]

Powiązane tematy z artykułem: psycholog sportu psychologia pracy psychoterapia