Ewolucja rozgałęzień ujawniona przez sekwencjonowanie Multiregion AD 2

Niejednorodność występująca wewnątrz guzów pierwotnych i związanych z nimi miejsc przerzutów nie została systematycznie scharakteryzowana przez sekwencjonowanie nowej generacji. Zastosowaliśmy sekwencjonowanie exome, analizę aberracji chromosomowych i profilowanie ploidalności DNA w celu zbadania wielu oddzielonych przestrzennie próbek z biopsji pierwotnych raków nerkowokomórkowych i związanych z nimi miejsc przerzutów. Zbadaliśmy fenotypowe konsekwencje genetycznej heterogeniczności w obrębie guza i reprezentację genomowego krajobrazu nowotworu za pomocą pojedynczej próbki z biopsją guza, obecnej podstawy dla większości odkryć biomarkerów i metod spersonalizowanej medycyny. Metody
Rycina 1. Rycina 1. Ramy czasowe biopsji i leczenia dla czterech pacjentów. Sekwencjonowanie wychwytu egzonowego przeprowadzono na DNA nowotworu z próbek biopsji pierwotnej guza (PreP) i przerzutów do ściany klatki piersiowej (PreM), regionów guza pierwotnego próbki nefrektomii (R1 do R9), przerzutów okołoprądowych w próbce do nefrektomii (M1) i dwa regiony wyciętego przerzutu do ściany klatki piersiowej (M2a i M2b). LM oznacza przerzuty do wątroby i progresję choroby PD. Zielone skrzynki wskazują okresy leczenia ewerolimusem, a czas trwania leczenia podano w tygodniach. Kropkowane linie wskazują punkty czasowe biopsji, a gwiazdka wskazuje na opóźnienie nefrektomii z powodu toksyczności.
Oceniliśmy próbki biopsji guza od czterech kolejnych pacjentów z przerzutowym rakiem nerkowokomórkowym, którzy zostali włączeni w interwencję spersonalizowanego RNA w celu zwiększenia skuteczności klinicznego badania ewerodimicznego cytotoksycznego i celowanego leczenia ewerodymem (E-PREDICT, numer EudraCT, 2009-013381- 54) przed i po cytoredukcyjnej nefrektomii. Próbki biopsji uzyskano przed rozpoczęciem 6-tygodniowego leczenia ewerolimusem. Po jednotygodniowym okresie eliminacji, w którym pacjenci nie otrzymywali ewerolimusu, wykonano nefrektomię. Leczenie ewerolimusem kontynuowano po przejściu od operacji do progresji guza. Rysunek pokazuje biopsję i harmonogramy leczenia.
Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie przestrzenne całego rzędu w DNA, które zostało wyekstrahowane ze świeżo zamrożonych próbek uzyskanych od Pacjentów i 2, jak opisano wcześniej, 19 z odczytami parami od końca odpowiednio 72 pz i 75 pz, w analizatorze genów Illumina IIx i Platformy HiSeq. Przeprowadziliśmy analizę macierzy polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP) w profilowaniu ekspresji Illumina Omni2.5 i matrycowego RNA (mRNA) na macierzach Affymetrix Gene 1.0.
Wszyscy czterej pacjenci wyrazili pisemną świadomą zgodę. Szczegółowe informacje dotyczące materiałów i metod znajdują się w Dodatku uzupełniającym, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie. Protokół badania jest również dostępny pod adresem.
Wyniki
Pacjenci
Pacjent miał raka jasnokomórkowego, przerzuty do płuc i przerzuty w ścianie klatki piersiowej
[patrz też: Upadłość transgraniczna, dygestorium, Skoki tandemowe ]

Powiązane tematy z artykułem: dygestorium Skoki tandemowe Upadłość transgraniczna